我想离职但公司不同意，还扣押了我的证件。

你咨询中提到公司扣押你的证件，这是违法的行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。因此，公司无权扣押你的证件。你可以首先与公司沟通要求返还，若公司拒绝，可以向当地劳动行政部门投诉，要求他们责令公司限期退还你的证件，并依法对公司进行处罚。
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除了向劳动仲裁部门申诉，你还可以采取以下措施解决公司不同意离职的问题：一是与公司进行协商，明确表达离职意愿并了解公司不同意的原因，寻求双方都能接受的解决方案；二是若公司存在违法行为，如克扣工资、未缴纳社保等，你可以以此为由单方面解除劳动合同，并保留相关证据以备后续维权。
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从法律角度，你离职时公司应履行以下义务：一是按照《中华人民共和国劳动合同法》的规定，在你提前通知后，与你解除劳动合同；二是出具解除劳动关系的书面证明，证明中应写明劳动合同期限、解除日期、工作岗位及工作年限等信息；三是返还你的所有证件，不得无故扣押。